Nhiều sử gia Trung Quốc cho rằng triều đại Vạn Lịch là một trong những nguyên nhân đáng kể dẫn đến sự diệt vong của nhà Minh. Ông không thực hiện trách nhiệm của hoàng đế điều khiển triều đình, thay vào đó là giao đại quyền vào tay hoạn quan, những kẻ tự xây dựng thế lực riêng của mình. Những quan lại bất mãn với hoàng đế trung thành với Chu Hi và chống lại Vương Dương Minh đã thành lập đảng Đông Lâm, một tổ chức chính trị tin vào sự cương trực của các cá nhân và cố gây ảnh hưởng trong triều dựa trên những nguyên tắc khắt khe của đạo Khổng Mạnh. Tuy nhiên chính sự hủ bại và bảo thủ, tham công sợ việc, hay che mắt hoàng đế để tư lợi riêng, báo cáo láo quân công của đảng Đông Lâm là một trong những nguyên nhân trực tiếp dẫn đến việc nhà Minh bị lật đổ.

Thời Vạn Lịch còn phải đối mặt với các gánh nặng tài chính và áp lực quân sự, nhất là vào những năm cuối khi nhà Hậu Kim của người Mãn Châu bắt đầu trỗi dậy và cướp phá dọc vùng biên giới phía bắc nhà Minh. Nhà Hậu Kim về sau mạnh lên trở thành nhà Thanh và thay nhà Minh cai trị Trung Hoa từ năm 1644. Người ta cho rằng nhà Minh diệt vong không phải chỉ là lỗi của hoàng đế Sùng Trinh mà còn là do sự bỏ bê trách nhiệm khi làm hoàng đế của Vạn Lịch.

Năm 1997, Bộ Công an Trung Quốc đã xuất bản một cuốn sách về lịch sử lạm dụng ma túy. Cuốn sách đã tuyên bố rằng hài cốt của Vạn Lịch đã được kiểm tra vào năm 1958 và được tìm thấy có chứa dư lượng morphine ở mức độ cho thấy rằng ông ta là một người nghiện thuốc phiện nặng và thường xuyên sử dụng chất kích thích này.

Tuy nhiên, theo một cách nhìn tích cực hơn, việc hoàng đế Vạn Lịch đóng góp vào việc bảo vệ Triều Tiên trước quân Nhật đã giúp người dân ở 2 miền đất nước này yêu quý ông. Vào thời nay, người Hàn Quốc vẫn thể hiện sự tôn trọng của mình với Vạn Lịch. Vạn Lịch đã yêu cầu bảo vệ triều đình nhà Joseon khỏi cuộc xâm lược của Nhật Bản vào năm 1592. Vạn Lịch đã gửi khoảng 43.000 binh sĩ với 100.000 bao gạo cho người dân Triều Tiên. Trong cuộc xâm lược của Nhật Bản từ năm 1592 đến 1598, ông cũng đã gửi hơn 100.000 binh sĩ và ông đã chi số tiền khổng lồ cho chiến tranh, vượt quá 5 năm thu thuế. Nhiều nhà sử học cho rằng cuộc chiến này đã phá hủy hoàn toàn nền kinh tế nhà Minh và gây ra sự sụp đổ nhanh chóng của triều đại này chỉ hơn 20 năm sau khi Vạn Lịch qua đời.

Trên nhiều phương diện, hoàng đế Vạn Lịch vẫn giống với một số các hoàng đế khác trong lịch sử Trung Quốc, ban đầu rất thành công nhưng về cuối đời thì triều đại suy thoái, cuối cùng thì bị lật đổ, tiêu biểu là: Hán Vũ đế nhà Hán, Đường Cao Tông và Đường Huyền Tông nhà Đường, Tống Nhân Tông nhà Tống, Thanh Cao Tông Càn Long nhà Thanh và ông nội ông Minh Thế Tông.